od 28. marca

Revolúcia a evolúcia v biológii

každý pondelok o 17:00

Biológia alebo dátova veda?

Už vyše desaťročie prebieha v biologickom výskume tichá technologická revolúcia ‒ čoraz lacnejšie sekvenovanie DNA mení biológiu na dátovú vedu.

Počas ôsmich stretnutí si priblížime otázky súčasnej biovedy, ktoré bolo ešte nedávno ťažko predstaviteľné študovať, pričom si budeme často vypomáhať evolúciou ako jednou zo základných biologických paradigiem. Krátko si vysvetlíme nevyhnutné základné pojmy molekulárnej biológie, pochopíme evolučné stromy chrípky, ukážeme si použitie umelej inteligencie v biológii na príklade Google AlphaFold či načrtneme potenciál sekvenovania jednotlivých buniek a veľkých dát pre budúcnosť biológie a medicíny.

Kurz bude vedený v slovenčine vždy jedným z inštruktorov formou krátkej prednášky s následným spoločným čítaním vedeckého článku/článkov, potrebná je preto schopnosť čítať po anglicky; znalosť biológie je potrebná na laickej, populárnej úrovni. Pri čítaní článkov sa budeme sústrediť najmä na čítanie a interpretáciu grafov. V druhej polovici kurzu budú účastníci aktívne povzbudzovaní samostatne prezentovať jednotlivé grafy zo študovaných článkov.


Účastník: „Zatiaľ sa mi veľmi páči koncept tohto kurzu -- ten neustály presun medzi slajdami, wiki, článkom a otázkami/komentármi študentov podľa mňa zatiaľ funguje úplne dobre. A to vysvetľovanie ako pristupovať k problému je veľmi fajn (samozrejme v praxi je to zatiaľ výrazne ťažšie, keď v ľubovoľnej vete v článku nerozumiem aspoň trom pojmom, ale wiki/Google je môj kamarát)."

Prihlasovanie na kurz bolo ukončené. Nechajte nám svoj e-mail a dostávajte novinky.

Obsah kurzu

8 stretnutí, 90 min.

1. Úvod: Informácia, DNA, molekulová dogma. DNA polymeráza, RNA polymeráza, ribozóm.

2. Sekvenovanie: Sangerova metóda a metódy novej generácie (Illumina, Nanopore, PacBio). Revolúcia v biológii.

3. Pozorovanie evolúcie: Mutácia a selekcia. Fylogenetické stromy vírusov chrípky a COVIDu.

4. Evolúcia v laboratóriu: Experimentálna evolúcia a rezistencia na antibiotiká.

5. Štruktúra proteínov pomocou evolučných stromov. Štruktúra vs. funkcia proteínov. Skladanie proteínov, Anfinsenov experiment, Google AlphaFold.

6. Funkčná genomika: Genomické štúdie fenotypických asociácií (GWAS), 23andMe, UK Biobank.

7. Metagenomika: Črevný mikrobióm a personalizovaná medicína

8. RNA sekvenovanie: Single-cell technologies. Ukážka použitia v medicínskom výskume na príklade COVID.

 

Príprava

na stretnutia

Predpoklady

k účasti na kurze

od 28. marca

každý pondelok o 17:00

1 hodina čítania vybraných textov podľa inštrukcií lektora (detailný opis syláb a materiály k príprave obdržíte po registrácii).

Schopnosť čítať akademické texty v Angličtine - min. úroveň B2 a viac.

Náročnosť kurzu

Screenshot 2021-03-11 at 21.03.05.png

Účastníci by mali poznať predmet seminára na laickej úrovni, poznať základné pojmy, resp. mať predošlé vedomosti o oblasti, ktorej sa seminár týka.

 
profil_Betinsky_edited_edited.jpg

Na konci strednej školy chcel zistiť, ako neživé molekuly môžu vytvárať život. Po dôkladnom štúdiu bunkových súčiastok na Fakulte biochémie v Oxforde našiel odpoveď v systémovej (nie systematickej) biológii - tej, ktorá skúma interakcie týchto súčiastok a to, akými spôsobmi je konkrétny biologický systém viac než len ich súčet. Systémovej biológii sa venoval na doktoráte na IST Austria a venuje sa jej dodnes, momentálne v oblasti imunitného systému na Technione v Izraeli.

profil_Betinsky_edited_edited.jpg

Od malička ju bavila matematika, na strednej ju začala fascinovať molekulárna a bunková biológia: systémy ktoré tvoria základy života, sú tak univerzálne a zároveň tak malé a skryté. Prihlásila sa teda na kurz pre nerozhodných s názvom Natural Sciences na University College London, kde nakoniec skončila bakalára z "Molecular and Cell Biology and Mathematics and Statistics". Biológiu a matematiku odvtedy s radosťou prepája, má rada automatizované experimenty, pokročilejšie štatistické a sekvenčné analýzy, aj matematické modelovanie. Počas PhD na IST Austria aj počas terajšieho výskumu na Technione v Izraeli sa týmito metódami venuje hlavne baktériám, antibiotikám, a tomu prečo antibiotiká nezaberajú.

 

Kapacita kurzu je 14 účastníkov.